Fund af menneskelige fossiler viser, at Filippinerne har været beboet i flere tusinde år. Den oprindelige befolkning, som kaldes Negritos eller Aetas, ser ud til at have krydset præhistoriske landbroer og derefter bosat sig i skovområderne. Omkring det 11. århundrede begyndte nye befolkningsgrupper at komme til fra Malaysia, Indonesien, Indokina og Taiwan. Den oprindelige befolkning blev presset ind i det indre af landet eller absorberet gennem blandingsægteskaber. Kinesiske og sydøstasiatiske handelsmænd kom til øerne i det 8. århundrede. Muslimske handelsmænd kom til Mindanao i det 14. århundrede, og denne region er fortsat den del af Filippinerne, som har den højeste andel af muslimer. De første europæere på Filippinerne kom sammen med portugiseren Ferdinand Magellan, der var leder af en spansk opdagelsesekspedition i 1521, og øerne fik senere deres navn til ære for kronprins Filip, den senere Filip 2. af Spanien. Rajaher fra Brunei havde imens taget kontrol over landet så langt nordpå som Manila, men de fleste af øerne havde i det store og hele selvstyre.