Spanske opdagelsesrejsende ankom til området omkring 1500 og mødte caribiske og Chibcha folkeslag. Colombia blev uafhængigt af Spanien i 1819 i en union med Ecuador og Venezuela. Panama var en colombiansk provins indtil 1903.

I den følgende periode var der jævnligt krige og borgerkrige. Den mest alvorlige var i 1940'erne og 1950'erne og blev kendt som La Violencia (Volden). Fjendtlighederne krævede mindst 180.000 ofre. I nyere tid har landet været plaget af narkoopgør og guerillagrupper som FARC. Disse grupper tyr ofte til kidnapning og narkosmugling for at finansiere deres kamp. Siden år 2000 har regeringen kørt en kampagne for at mindske kriminaliteten i samfundet og hævder at have haft succes med dette, idet antallet af bortførelser og mord er faldet med hhv. 61% og 48%. Oppositionen betvivler dog til dels disse tal og kritiserer regeringen for, at menneskerettigheder er blevet krænket.